Σύμφωνα με τα τα Wikileaks η Ντόρα ήταν κάθετη και αδιαπραγμάτευτη στο θέμα των υπερπτήσεων των Τούρκων στο Αιγαίο..

Αποδεικνύεται ότι η ΝΤΟΡΑ ΜΠΑΚΟΓΙΑΝΝΗ έκανε ΕΘΝΙΚΗ ΠΟΛΙΤΙΚΗ και δεν έπαιζε επικοινωνιακά παιχνίδια για εσωτερική κατανάλωση. Άλλοι πολιτικοί ΟΥΔΕΠΟΤΕ θα τολμούσαν να μιλήσουν έτσι στους Αμερικανούς. Θα πουλούσαν τσαμπουκά και μαγκιές σε όλα τα εγχώρια Μέσα Ενημέρωσης προκαλώντας μεγάλη ζημιά στα 

συμφέροντα της Ελλάδας.

http://folders.skai.gr/main/wikileak?id=35&locale=el

Τηλεγράφημα που περιγράφει πώς οι Αμερικανοί πείθονται από την πίεση που τους άσκησε η Ντόρα Μπακογιάννη ως ΥΠΕΞ για τις υπερπτήσεις των Τούρκων στο Αιγαίο, ουσιαστικά υιοθετούν οι Αμερικανοί την ελληνική καταγραφή των γεγονότων και πιέζουν με διάβημα τους Τούρκους κάτι που δυσαρεστεί έντονα την τουρκική πλευρά και τον Τούρκο υφυπουργό Εξωτερικών Ερτουγρούλ Απακάν. 

Χαρακτηριστικό της πίεσης που ασκεί η Ντόρα Μπακογιάννη στους Αμερικανούς για τις υπερπτήσεις των Τούρκων είναι ο όρος που χρησιμοποιείται στο έγγραφο του αμερικανού πρέσβη για "αποκαλυπτικές" εισηγήσεις της ελληνικής πλευράς γύρω από το θέμα των υπερπτήσεων.

http://folders.skai.gr/main/wikileak?id=34&locale=el

Η τότε ΥΠΕΞ Ντόρα Μπακογιάννη αρνείται οποιαδήποτε υποχώρηση στο συγκεκριμένο θέμα των υπερπτήσεων στο ΑΙΓΑΙΟ προβάλλοντας το επιχείρημα ότι δεν θα πέσει στην παγίδα των Τούρκων που προσπαθούν να βάλουν άλλο ένα θέμα στην ατζέντα των διαπραγματεύσεων (τις υπερπτήσεις). 

Το έγγραφο μεταφέρει όσα ανέφερε η Ντόρα Μπακογιάννη στον Αμερικανό πρέσβη Ντάνιελ Σπεκχαρντ λέγοντας του ότι "οι υπερπτήσεις πρέπει να σταματήσουν" γιατί αλλιώς απειλούν τις σχέσεις των δύο λαών και εμποδίζουν την οποιαδήποτε πρόοδο στις ελληνοτουρκικές σχέσεις, ενώ η Ντόρα Μπακογιάννη πληροφορεί επιπροσθέτως τον αμερικανό πρέσβη ότι "δεν θα πέσει στην παγίδα" να βάλει το θέμα στην ατζέντα των διαπραγματεύσεων με την Τουρκία. 

 Χαρακτηρίζει επίσης στον αμερικανό πρέσβη τις υπερπτήσεις των Τούρκων απαράδεκτη ενέργεια που δημιουργεί προβλήματα ακόμα και στην απόφαση της ελληνικής κυβέρνησης να στηρίξει την ευρωπαική προοπτική της Τουρκίας.  

http://folders.skai.gr/main/wikileak?id=33&locale=el

Στην έκθεση που συντάσσει ο επιτετραμένος της αμερικανικής πρεσβείας στην Αθήνα για την στάση που θα κρατήσει η Ελληνική κυβέρνηση στην επερχόμενη σύνοδο του ΝΑΤΟ στο Βουκουρέστι αναφέρει ότι Καραμανλής και Μπακογιάννη και στο θέμα της ονομασίας ταυτίζονται απόλυτα στις θέσεις τους, δεν μπλοφάρουν και ουσιαστικά ζητούν από τις ΗΠΑ να πιέσουν τα Σκόπια να λυθεί το πρόβλημα (που δημιουργήθηκε και με ευθύνη των ΗΠΑ αναγνωρίζοντας την ΠΓΔΜ με το όνομα Μακεδονία). Χαρακτηριστικά αναφέρει ο αμερικανός αξιωματούχος: 

Το ίδιο μας λέει και οι δύο στις κατ' ιδίαν συναντήσεις μας. Σημείο που δείχνει πόσο φαιδρά και ανυπόστατα ήταν όλα όσα λέγονταν για άλλη γραμμή ΥΠΕΞ και άλλη Μαξίμου στα θέματα της εξωτερικής πολιτικής. 

Άλλωστε αυτή η δυνατή εννιαία συντονισμένη κόκκινη γραμμή διαπραγμάτευσης της ελληνικής εξωτερικής πολιτικής με πρωθυπουργό τον Κώστα Καραμανλή και υπουργό Εξωτερικών την Ντόρα Μπακογιάννη, οδήγησε και στην επιτυχία του Βουκουρεστίου.